1933 елга Уфа институты составында хирургия, вирусология һәм ике трахома бүлекләре була. 1936 елда анда офтальмология кафедрасы оештырыла.
Авыр сугыш һәм аннан соңгы еллар үткәч, 1965 елда гына республикада трахома проблемасы тулысынча хәл ителә. Шулай да офтальмологлар алдына яңа проблемалар килеп баса: Башкортстан илнең зур нефть-химия төбәгенә әверелгәч, нефть һәм резина-техника продуктларының эшчеләр һәм урындагы халыкның сәламәтлегенә йогынтысын тикшерү башлана. Күз микрохирургиясе һәм лазер дәвасы уйлап табыла.
Бүген Уфа күз авырулары институтында биш дәвалау (шул исәптән, берсе 17 яшькә кадәр балалар өчен) һәм фәнни-мәгариф бүлеге бар.
Ел саен институтның ике филиалы 40 меңнән артык авыруга офтальмология ярдәме күрсәтә. Шул исәптән, республикага якын өлкәләрдән һәм шәһәрләрдән дә мөрәҗәгать итәләр. Илнең төрле төбәкләреннән булган 4 меңгә якын бала – Уфа фәнни-тикшеренү институты пациентлары. Бүген башкалада офтальмология ярдәме күрсәтүче 4 клиника бар, аларны Башкортстан дәүләт медицина университетында белем алган сәләтле табиблар җитәкли.