Башкортстанда 12 дини үзәк, төрле конфессияләрнең 1708 дини берләшмәсе эшләп килә. Ислам һәм православие тарафдарлары республикада күпсанлы, аларның дини берләшмәләре барлык оешмаларның 87 процентын тәшкил итә (68 процент — Ислам, 19 процент — православие).
Башкортстанда Ислам өммәтенең ике мөселманнар диния нәзарәте бар. Баш мөфти Шәйхел-Ислам Тәлгать хәзрәт Таҗетдин җитәкчелек иткән Русия мөселманнарының Үзәк диния нәзарәте илнең 25 төбәк мөфтиятен берләштерә, аңа 2 мең мөселман мәхәлләсе карый, шуларның 538е — Башкортстанда. Нурмөхәммәт хәзрәт Нигъмәтуллин җитәкчелек иткән Башкортстан мөселманнары Диния нәзарәте Русия мөфтиләр шурасына карый. Бу нәзарәт республиканың 630 мәхәлләсен берләштерә.
Башкортстан Башлыгы каршындагы Дәүләт-конфессияара мөнәсәбәтләр буенча советның эшчәнлеге нәтиҗәсендә төбәктә конфессияара мөнәсәбәтләр тотрыклы, җәмгыятьтә тынычлык һәм татулык хөкем сөрә. Соңгы ике дистә елда илебезнең бик күп төбәкләрендә Дин эшләре буенча советлар бетерелде. Мондый советлар Башкортстанда һәм Татарстанда гына калды. Нәкъ менә Советның сакланып калуы нәтиҗәсендә бүген ике республикада экстремизм, террорчылыкның таралуына һәм тоталитар секталарның үтеп керүенә юл куелмый.