XIX гасырның беренче яртысында Ырынбур хәрби үзәк була. Монда Аерым Ырынбур хәрби корпусының җитәкчелеге урнаша. Корпус составына Башкорт-мишәр, Ставрополь калмык, гаскәрләре Ырынбур һәм Урал казакларының полклары керә. Шуңа күрә хәрбиләр, төрле кантон җитәкчеләре, башка чиновниклар эш белән бу шәһәргә еш килә. Билгеле, аларга тукталып, яшәр өчен урын кирәк була. Ләкин 1822 елда Ырынбур халкы хәрбиләрне мәҗбүри рәвештә үз йортларына кертү бурычыннан азат ителә, шунлыктан аларга шәһәрдә вакытлыча торак табу зур проблемага әверелә.
Әлеге мәсьәләне өлешчә булса да хәл итү өчен Ырынбур губернаторы Василий Перовский 1836 елның 20 апрелендә башкорт һәм мишәр кантоннары җитәкчеләренә мөрәҗәгать белән чыга. Ул анда губерна үзәгенә килгән башкорт һәм мишәр хәрбиләренең тукталыр урыны булмавын ассызыклый һәм аларга махсус кунакханә — Кәрвансарай төзү өчен җирле халыктан акча бирүләрен сорый.
Шулай итеп, халыктан акча җыю башлана. Бинаның проектын эшләү ике архитекторга — М. П. Коринфскийга һәм А. П. Брюлловка йөкләтелә. 1837 елның 19 гыйнварында узган конкурста Александр Брюлловның проекты кабул ителә һәм җирле халык катнашлыгында төзелеш эшләре башлана. Бина комплексына гаскәр җитәкчелегенең канцеляриясе, Ырынбурга килүче башкортлар һәм мишәрләр өчен кунакханә, училище һәм остаханәләр, ат абзарлары һәм мәчет керә. Халык төзелешне 9 ел буена чимал белән тәэмин итә. Аерым эшләрдә үз атлары белән меңнән артык башкорт катнаша.
1842 елга мәчет манарасы һәм архитектура ягыннан башкорт тирмәсен хәтерләткән 8 почмаклы мәчет калкып чыга, кунакханә йортлары да күтәрелә. Кәрвансарайның эчке һәм тышкы ягын бизәүгә янә 4 ел вакыт сарыф ителә.
Бинаны ачу тантанасы, патша Николай I туган көненә туры китерелеп, 1846 елның 30 августында үтә. Зур җыенга төрле төбәкләрдән халык җыела. Губернатор Василий Перовский Кәрвансарай ачкычын башкортлар кулына тапшыра. Зур бәйрәм, ат чабышлары, мул табын оештырыла. Яңа мәчеттә мулла Гатаулла Алтынгуҗин 3500 кешегә беренче тапкыр намаз укый.
1863 елга кадәр Кәрвансарай үзенең төп вазыйфасын үти – анда Башкорт казак гаскәренең канцеляриясе һәм балалар мәктәбе урнаша. Тик соңыннан бина башкортлардан тартып алынып, 1865 елда Ырынбур губернаторының резиденциясе буларак файдаланыла башлый. Башкортлар, Кәрвансарайның тартып алынуына ризасызлык белдереп, 10000 кеше исеменнән шикаять тә язып карыйлар, тик барысы да файдасыз булып чыга. Губернатор Н. А. Крыжановский хәтта мәчетне дә икенче урынга күчерергә тели, ләкин Эчке эшләр министрлыгы, халык күтәрелешеннән куркып, моңа рөхсәт бирми. Мәчет ябылмый, руханилар өчен ике фатир да калдырыла. Бу хәл 1917 елгы Октябрь инкыйлабына кадәр дәвам итә.
1917 елның 20-27 июлендә Ырынбурда узган II Бөтенбашкорт съезды Кәрвансарайны башкорт халкына кире кайтару турында карар чыгара һәм бу хакта Вакытлы хөкүмәт рәисе Александр Керенскийга җиткерә. Тик Керенскийның хакимияттәге көннәре санаулы булып чыга.
Октябрь инкыйлабыннан соң власть большевиклар кулына күчкәч, 1917 елның 16 ноябреннән башлап 1918 елның 14 февраленә кадәр Кәрвансарайда Үзәк башкорт шурасы урнаша. Шәрәф Манатов 1918 елның гыйнварында Кәрвансарай мәсьәләсендә В. И. Ленин белән сөйләшә. Нәтиҗәдә, февраль башында биналар комплексын башкорт халкына тапшыру турында декрет кабул ителә һәм 1918 елның августыннан ноябренә кадәр биредә Башкортстан Хөкүмәте, аның хәрби җитәкчелеге урнаша.
1920 елда Кәрвансарай бинасында Башкорт халык мәгарифе институты ачыла, соңыннан ул педагогия техникумы итеп үзгәртелә. 1924 елда архитектура комплексы ул вакытта Кыргыз АССРына (хәзерге Казахстан Республикасы) караган Ырынбур губернасы юрисдикциясенә тапшырыла. Бары тик педагогия техникумы гына Башкортстанның Мәгариф буенча халык комиссариаты карамагында калдырыла. 1921-36 елларда аннан Сәгыйть Агиш, Баязит Бикбай, Зәйнәп Биишева кебек күренекле әдипләр укып чыга.
“Сугышчан атеизм” хакимлек иткән 1930 елда биредәге мәчет тә ябыла, ә бинасы Башкорт педагогия техникумына клуб итеп тапшырыла. Хәер бу да озакка бармый, чөнки 1936 елда техникум эшләүдән туктый. 1954 елда мәчет бинасында планетарий төзелә. 1960 елның 30 августында РСФСР Министрлар Советы махсус карар кабул итеп, Кәрвансарайны дәүләт дәрәҗәсендә саклана торган архитектура һәйкәлләре исемлегенә кертә. Үзгәртеп кору елларында һәм Советлар Союзы таркалып, милли республикаларда “суверенитетлар парады” башлангач, Кәрвансарайны башкорт халкына кире кайтару турында кызу бәхәсләр башлана, күпсанлы митинглар үтә. Нәтиҗәдә, 1996 елның сентябрендә Ырынбур өлкәсе һәм Башкортстан Республикасы арасында “Кәрвансарай” тарихи-архитектура һәйкәлен бергәләп файдалану турындагы килешүгә кул куела.
Әлеге көндә биредә Ырынбур өлкәсенең сәүдә-сәнәгать палатасы, башка рәсми оешмалар урнашкан. 1993 елда мәчет тә мөселманнарга кире кайтарылды. Бүген ул “Кәрвансарай” мөселман дини берләшмәсе карамагында үз эшен дәвам итә.
Нинди генә авыр чорлар кичермәсен, Кәрвансарай әлегә кадәр башкорт халкының тарихын, рухын үзендә саклаучы милли символ булып кала. Хәзер инде ул үзе дә тарихчыларның, мәдәният белгечләренең тикшеренү объектына әверелде.